液體處理專家如何自動(dòng)化、標(biāo)準(zhǔn)化捕獲測(cè)序文庫(kù)制備

目標(biāo)區(qū)域捕獲測(cè)序技術(shù)，是根據(jù)已知特定基因組區(qū)域序列設(shè)計(jì)寡核苷酸探針，通過雜交將目標(biāo)區(qū)域捕獲富集進(jìn)行二代測(cè)序。其針對(duì)目標(biāo)區(qū)域深度測(cè)序，增加了檢查靈敏度和準(zhǔn)確性。既滿足研究需求，又降低測(cè)序成本，在科研、臨床中均備受關(guān)注。

液體處理專家貝克曼庫(kù)爾特推出Biomek 自動(dòng)化捕獲測(cè)序方案，幫助您實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化、標(biāo)準(zhǔn)化的捕獲測(cè)序。 由自動(dòng)化工作站進(jìn)行基因捕獲，可以減少手工操作時(shí)間，提高工作效率，增加結(jié)果的重復(fù)性和均一性。 Biomek工作站可實(shí)現(xiàn)從核酸提取，文庫(kù)構(gòu)建，定量混樣到捕獲的整體實(shí)驗(yàn)流程。

Figure 1. 捕獲測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建自動(dòng)化流程

由Biomek成功自動(dòng)化的雜交捕獲試劑盒：

   Agilent HaloPlex™ Target Enrichment - Ion Torrent

   Agilent SureSelect XT®

   Epicentre ScriptSeq® Complete Gold Low Input

   Illumina Nextera® Rapid Capture

   Illumina TruSeq® Exome

   Illumina TruSeq® Rapid Exome

   Illumina TruSight® Cancer

   Illumina TruSight® Tumor 15

   Illumina TruSight® Tumor 170

   IDT xGen® Exome Research Panel

   NEB NEBNext Direct™ Cancer HotSpot Panel

   Roche Nimblegen SeqCap EZ® for Illumina NGS

Biomek自動(dòng)化捕獲測(cè)序數(shù)據(jù)展示

Figure 2. IDT xGen® Exome Research Panel試劑盒捕獲測(cè)序文庫(kù)制備。

 上圖： 片段分析，其中主峰1和2為雜交捕獲后cfDNA目標(biāo)片段峰；

 下圖：Qubit Fluorometric Quantification核酸定量結(jié)果。

Figure 3. IDT xGen®雜交捕獲試劑盒歷史手工數(shù)據(jù)vs. 

Biomek i7自動(dòng)化工作站完成數(shù)據(jù)。A. 平均中靶率，B. 重復(fù)率，C. 覆蓋度，D. GC偏移。

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在軟件操作界面上用戶可以選擇樣本數(shù)量，是否使用臺(tái)面整合的PCR儀，以及運(yùn)行工作流程的哪個(gè)部分。此外，具備臺(tái)面自動(dòng)校對(duì)功能，當(dāng)操作人員完成耗材擺放后，工作站可根據(jù)攝像頭拍攝，自動(dòng)判定耗材擺放是否正確，對(duì)錯(cuò)誤擺放位置進(jìn)行提示。避免由于人為擺放耗材錯(cuò)誤，導(dǎo)致設(shè)備碰撞或試劑、時(shí)間損失。

Figure 4. 向?qū)杰浖僮鳎琁DT xGen® 雜交捕獲試劑盒方法選擇界面。

Biomek自動(dòng)化捕獲測(cè)序——實(shí)踐速度與通量的飛躍

Figure 5. 完成 24/48/96個(gè)樣本的自動(dòng)化IDT xGen®雜交捕獲測(cè)序文庫(kù)制備預(yù)估耗時(shí)。